海德堡大学成立之前，布拉格大学和维也纳大学已相继成立。当时教会开始分化，世俗政治派别间的斗争加剧，法耳次州选帝侯鲁泼赖希特决定在海德堡建立一所高等院校，目的是推进科学文化发展，保护教会，并以此证明自己是个有远见的统治者。

     当然，这所学校成立后也有其实际用途：一方面，大学的教授们可以充当他的法律，公使或者顾问；另一方面，大学中培养的各种有用人才今后可以为他的管辖区服务。此外，这所大学还能为法耳次州和它的首府海德堡带来声誉。

    当时的教会分裂成两大水火不容的派别，这为海德堡大学的成立提供了便利条件。巴黎索邦神学院，巴黎大学的前身)的许多德籍教授和学生在这种情势下离开了所在学校。在海德堡，他们纷纷找到了发挥自己才能的位置。因此海德堡大学几乎完全是按照索邦神学院的模式建立的。大学成立之初，学校只有4个传统系科——神学、法学、医学和艺术系。首任校长是马西流斯•封•英格亨。校长大印上刻着一句箴言：智慧之书永远开启。

     大学成立后不久，它便发展成为欧洲思想文化的中心之一。许多著名的神学家和法学家成为鲁泼赖希特三世的顾问。他于1400年8月被莱茵河诸州的选帝侯推举为国王。海德堡大学中涌现了一批主教、国王特使和宰相。当时的思想界逐渐受到人文主义的影响，海德堡成为德国早期人文主义的发源地。16世纪时，一些著名学者在海德堡大学工作，它于是成为人文主义运动和思潮的摇篮。1518年4月，基督教新教的创始人马丁•路德在海德堡同教会展开了辩论，并由此产生了持久的影响力：他的追随者中不乏大学生和硕士生，他们成为德国西南部的宗教改革者。此外，人文主义思潮对神学系的影响也使它接受了宗教改革的新学说。海德堡成为了人文主义科学的中心，散发出思想智慧的光芒。直至今日，海德堡大学的教授们当时起草的《海德堡问答手册》仍是关于宗教改革的基础常识书籍。因此，海德堡大学成为博学多识、思想自由的象征，吸引着整个欧洲的学者和学生。