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日本大部分地区属于温带海洋性气候，四季分明。由于日本列岛南北方向延伸很长，横跨亚热带和亚寒带，所以南北气候差异极大。此外，复杂的地形和海流的影响，也加强了日本气候的地域性差异。 首先，日本南北延伸约3000公里，各地气候存在明显差异，北纬35度以南属季风型亚热带森林气候；本州北部及北海道属季风型温带针叶林气候；其余广大地区属季风型温带阔叶林气候。位于日本中部的东京，冷月(1月)平均气温摄氏6度，热月(8月)平均气温摄氏25度，年平均降水量1500多毫米。九州南部的鹿儿岛，冷月(1月)平均气温摄氏7度，热月(8月)平均气温摄氏27度，年平均降水量达2000毫米以上。北海道的札幌，冷月(1月)平均气温在摄氏一6度以下，热月(8月)平均气温摄氏20度以上；根室年平均降水量为981毫米。每年8～10月间，日本西部和南部常常遭到台风袭击，造成严重灾害。
从地形的影响上来看，由于本州岛的中央由东到西绵延起伏的山脉将其纵断分割，因此太平洋一侧和日本海一侧的气候存在着很大的差异。在太平洋一侧，夏季受东南季风的影响，天气比较闷热，降水量较多；冬季则比较干燥。而日本海一侧，冬季由于来自大陆的西北季风的影响，降雪量极大，是世界闻名的多雪地带，有些地方降雪量可达4.5米。
此外，海流对日本的气候也有很大的影响，除东北部沿岸以外，其他地区均被来自热带太平洋的暖流(黑潮)环绕，气候受到海洋的调节，形成较为温暖湿润的海洋性季风气候，比大陆同纬度地区温和，降水也较丰富，年平均降水量绝大部分地区为1000—2000毫米。夏季盛行东南风，东部沿海6～7月间阴雨连绵；冬季西北风由大陆经日本海吹来，天气寒冷，北部多降雪。
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